BALL  1.5.0
allModel.h
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1 // -*- Mode: C++; tab-width: 2; -*-
2 // vi: set ts=2:
3 //
4 //
5 
6 #ifndef BALL_QSAR_ALLMODEL_H
7 #define BALL_QSAR_ALLMODEL_H
8 
9 #ifndef BALL_QSAR_NONLINEARMODEL_H
11 #endif
12 
13 
14 namespace BALL
15 {
16  namespace QSAR
17  {
18 
21  {
22  public:
26  ALLModel(const QSARData& q, double kw=4);
27 
30 
34  void setKw(double kw);
35 
36  virtual Eigen::VectorXd predict(const vector<double>& substance, bool transform=1);
37 
39  void train(){};
40 
42  virtual bool optimizeParameters(int d, int no_steps);
43 
45  double getKw();
46 
47  virtual void setParameters(vector<double>& v);
48 
49  virtual vector<double> getParameters() const;
50 
51  void saveToFile(string filename);
52 
53  void readFromFile(string filename);
55 
56 
57  protected:
58 
62  virtual void calculateWeights(Eigen::MatrixXd& dist, Eigen::VectorXd& w);
63 
65  void calculateXX(Eigen::VectorXd& w, Eigen::MatrixXd& res);
66 
68  void calculateXY(Eigen::VectorXd& w, Eigen::MatrixXd& res);
69 
71  void calculateEuclDistanceMatrix(Eigen::MatrixXd& m1, Eigen::MatrixXd& m2, Eigen::MatrixXd& output);
73 
74 
79  double kw_;
80  double lambda_;
82  };
83  }
84 }
85 
86 #endif // ALLMODEL
BALL_EXPORT
#define BALL_EXPORT
Definition: COMMON/global.h:50
BALL::QSAR::ALLModel::calculateEuclDistanceMatrix
void calculateEuclDistanceMatrix(Eigen::MatrixXd &m1, Eigen::MatrixXd &m2, Eigen::MatrixXd &output)
BALL::QSAR::ALLModel::ALLModel
ALLModel(const QSARData &q, double kw=4)
nonlinearModel.h
BALL::QSAR::ALLModel::setKw
void setKw(double kw)
BALL::QSAR::ALLModel::getKw
double getKw()
BALL::QSAR::ALLModel::readFromFile
void readFromFile(string filename)
BALL::QSAR::ALLModel::train
void train()
Definition: allModel.h:39
BALL::QSAR::ALLModel::lambda_
double lambda_
Definition: allModel.h:80
BALL::QSAR::ALLModel::calculateWeights
virtual void calculateWeights(Eigen::MatrixXd &dist, Eigen::VectorXd &w)
BALL::QSAR::ALLModel::calculateXX
void calculateXX(Eigen::VectorXd &w, Eigen::MatrixXd &res)
BALL
Definition: constants.h:13
BALL::QSAR::ALLModel::saveToFile
void saveToFile(string filename)
BALL::QSAR::QSARData
Definition: QSARData.h:56
BALL::QSAR::ALLModel::setParameters
virtual void setParameters(vector< double > &v)
BALL::QSAR::ALLModel::~ALLModel
~ALLModel()
BALL::QSAR::ALLModel::calculateXY
void calculateXY(Eigen::VectorXd &w, Eigen::MatrixXd &res)
BALL::QSAR::ALLModel::predict
virtual Eigen::VectorXd predict(const vector< double > &substance, bool transform=1)
BALL::QSAR::ALLModel::getParameters
virtual vector< double > getParameters() const
BALL::QSAR::ALLModel::kw_
double kw_
Definition: allModel.h:79
BALL::QSAR::ALLModel
Definition: allModel.h:21
BALL::QSAR::NonLinearModel
Definition: nonlinearModel.h:20
BALL::QSAR::ALLModel::optimizeParameters
virtual bool optimizeParameters(int d, int no_steps)