Class OptimadeReader

  • All Implemented Interfaces:
    javajs.api.GenericLineReader

    public class OptimadeReader
    extends AtomSetCollectionReader
    A (preliminary) reader for OPTIMADE resources.
    Author:
    Bob Hanson hansonr@stolaf.edu
    • Field Detail

      • modelNo

        private int modelNo
      • iHaveDesiredModel

        private boolean iHaveDesiredModel
      • dimensionType

        private float[] dimensionType
      • ndims

        private float ndims
      • isPolymer

        private boolean isPolymer
      • isSlab

        private boolean isSlab
      • xyz

        private float[] xyz
    • Constructor Detail

      • OptimadeReader

        public OptimadeReader()
    • Method Detail

      • readModel

        private void readModel​(java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> map)
                        throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • checkDimensionType

        private boolean checkDimensionType()
      • readLattice

        private boolean readLattice​(java.util.List<java.lang.Object> lattice)
      • readAtoms

        private void readAtoms​(java.util.List<java.lang.Object> species,
                               java.util.List<java.lang.Object> sites,
                               java.util.List<java.lang.Object> coords)
      • addAtom

        private Atom addAtom​(float[] xyz,
                             java.lang.String sym,
                             java.lang.String name)
      • toFloatArray

        private static boolean toFloatArray​(java.util.List<java.lang.Number> list,
                                            float[] a)