Class PropertyManager

  • All Implemented Interfaces:
    JmolPropertyManager

    public class PropertyManager
    extends java.lang.Object
    implements JmolPropertyManager
    The PropertyManager handles all operations relating to delivery of properties with the getProperty() method, or its specifically cast forms getPropertyString() or getPropertyJSON(). It is instantiated by reflection
    • Constructor Detail

      • PropertyManager

        public PropertyManager()
    • Method Detail

      • getProperty

        public java.lang.Object getProperty​(java.lang.String returnType,
                                            java.lang.String infoType,
                                            java.lang.Object paramInfo)
        Specified by:
        getProperty in interface JmolPropertyManager
      • getArguments

        private SV[] getArguments​(java.lang.String propertyName)
      • fixSelectQuotes

        private java.lang.String fixSelectQuotes​(java.lang.String propertyName)
      • extractProperty

        public java.lang.Object extractProperty​(java.lang.Object prop,
                                                java.lang.Object args,
                                                int ptr,
                                                javajs.util.Lst<java.lang.Object> v2,
                                                boolean isCompiled)
        Specified by:
        extractProperty in interface JmolPropertyManager
      • getMapSubset

        private static void getMapSubset​(java.util.Map<java.lang.String,​?> h,
                                         java.lang.String key,
                                         java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> h2,
                                         javajs.util.Lst<java.lang.Object> v2)
      • compileSelect

        private SV[] compileSelect​(SV[] args)
      • getKeys

        private javajs.util.Lst<java.lang.String> getKeys​(java.lang.String select)
      • checkMap

        private java.lang.String checkMap​(java.util.Map<java.lang.String,​?> h,
                                          java.lang.String key,
                                          boolean isWild,
                                          javajs.util.Lst<java.lang.Object> v2,
                                          java.lang.Object args,
                                          int ptr,
                                          boolean isCaseSensitive)
      • checkKey

        private boolean checkKey​(java.lang.String k,
                                 java.lang.String key,
                                 java.lang.String lckey)
      • getPropertyName

        private static java.lang.String getPropertyName​(int propID)
      • getParamType

        private static java.lang.String getParamType​(int propID)
      • isReadableAsString

        private static boolean isReadableAsString​(java.lang.String infoType)
      • getPropertyAsObject

        private java.lang.Object getPropertyAsObject​(java.lang.String infoType,
                                                     java.lang.Object paramInfo,
                                                     java.lang.String returnType)
      • getUnitCellInfo

        private java.lang.Object getUnitCellInfo()
      • getImage

        private java.lang.Object getImage​(java.lang.String params,
                                          boolean asBytes)
      • getVariables

        private java.lang.Object getVariables​(java.lang.String name)
      • getFileInfo

        static java.lang.Object getFileInfo​(java.lang.Object objHeader,
                                            java.lang.String type)
      • getMoleculeInfo

        public javajs.util.Lst<java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object>> getMoleculeInfo​(java.lang.Object atomExpression)
      • getModelInfo

        public java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> getModelInfo​(java.lang.Object atomExpression)
        Specified by:
        getModelInfo in interface JmolPropertyManager
      • getLigandInfo

        public java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> getLigandInfo​(java.lang.Object atomExpression)
        Specified by:
        getLigandInfo in interface JmolPropertyManager
      • getAtomData

        public java.lang.String getAtomData​(java.lang.String atomExpression,
                                            java.lang.String type,
                                            boolean allTrajectories)
        use lower case to indicate coord data only (xyz, xyzrn, xyzvib, pdb. use USER: or PROPERTY_xxxx for a property all other types return full data
        Specified by:
        getAtomData in interface JmolPropertyManager
      • getModelExtract

        public java.lang.String getModelExtract​(javajs.util.BS bs,
                                                boolean doTransform,
                                                boolean isModelKit,
                                                java.lang.String type,
                                                boolean allTrajectories)
        V3000, SDF, MOL, JSON, CD, XYZ, XYZVIB, XYZRN, CML, PDB, PQR, QCJSON, PWMAT, XSF MOL67 is MOL with bonds of type 6 or 7 (aromatic single/double)
        Specified by:
        getModelExtract in interface JmolPropertyManager
      • getModel

        private java.lang.String getModel​(java.lang.String type,
                                          javajs.util.BS bs,
                                          java.lang.Object[] data,
                                          javajs.util.OC out)
        EXPERIMENTAL create a QCJSON file -- very preliminary
        Parameters:
        type -
        bs -
        data - to pass to reader
        out -
        Returns:
        file data
      • getCovalentBondsForAtoms

        private static javajs.util.BS getCovalentBondsForAtoms​(Bond[] bonds,
                                                               int bondCount,
                                                               javajs.util.BS bsAtoms)
      • getChimeInfoA

        private java.lang.String getChimeInfoA​(Atom[] atoms,
                                               int tok,
                                               javajs.util.BS bs)
        Get information in the style of Chime for SHOW selected|atoms|groups|group1| chains|residues|sequence
        Parameters:
        atoms -
        tok -
        bs -
        Returns:
        string \n-separated listing
      • getAllAtomInfo

        public javajs.util.Lst<java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object>> getAllAtomInfo​(javajs.util.BS bs)
      • getAtomInfoLong

        private java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> getAtomInfoLong​(int i,
                                                                                       javajs.util.P3 ptTemp,
                                                                                       SymmetryInterface ucell)
      • getAllBondInfo

        public javajs.util.Lst<java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object>> getAllBondInfo​(java.lang.Object bsOrArray)
      • getBondInfo

        private java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> getBondInfo​(int i,
                                                                                   javajs.util.P3 ptTemp)
      • getAllChainInfo

        public java.util.Map<java.lang.String,​javajs.util.Lst<java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object>>> getAllChainInfo​(javajs.util.BS bs)
      • getChainInfo

        private javajs.util.Lst<java.util.Map<java.lang.String,​javajs.util.Lst<java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object>>>> getChainInfo​(int modelIndex,
                                                                                                                                                            javajs.util.BS bs)
      • getAllPolymerInfo

        private java.util.Map<java.lang.String,​javajs.util.Lst<java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object>>> getAllPolymerInfo​(javajs.util.BS bs)
      • getBasePairInfo

        private java.lang.String getBasePairInfo​(javajs.util.BS bs)
      • getAtomResidueInfo

        private static void getAtomResidueInfo​(javajs.util.SB info,
                                               Atom atom)
      • getAppletInfo

        private java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> getAppletInfo()
      • getAnimationInfo

        private java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> getAnimationInfo()
      • getBoundBoxInfo

        private java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> getBoundBoxInfo()
      • getShapeInfo

        private java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> getShapeInfo()
      • getAnnotationInfo

        private SV getAnnotationInfo​(java.lang.Object atomExpression,
                                     int type)
      • getMeasurementInfo

        private javajs.util.Lst<java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object>> getMeasurementInfo()
      • getMouseInfo

        private java.lang.Object getMouseInfo()
      • getPdbAtomData

        public java.lang.String getPdbAtomData​(javajs.util.BS bs,
                                               javajs.util.OC out,
                                               boolean isPQR,
                                               boolean doTransform,
                                               boolean allTrajectories)
        PDB or PQR only
        Specified by:
        getPdbAtomData in interface JmolPropertyManager
        Parameters:
        bs - selected atoms
        out - StringXBuilder or BufferedWriter
        Returns:
        PDB file data string
      • getPdbData

        public java.lang.String getPdbData​(int modelIndex,
                                           java.lang.String type,
                                           javajs.util.BS bsSelected,
                                           java.lang.Object[] parameters,
                                           javajs.util.OC out,
                                           boolean addStructure)
        Specified by:
        getPdbData in interface JmolPropertyManager
      • getModelCml

        public java.lang.String getModelCml​(javajs.util.BS bs,
                                            int atomsMax,
                                            boolean addBonds,
                                            boolean doTransform,
                                            boolean allTrajectories)
        Specified by:
        getModelCml in interface JmolPropertyManager
      • fixJMEFormalCharges

        public java.lang.String fixJMEFormalCharges​(javajs.util.BS bsAtoms,
                                                    java.lang.String jme)
        Fix a JME string returned from NCI CIR to have the proper formal charges.
        Specified by:
        fixJMEFormalCharges in interface JmolPropertyManager