vg
tools for working with variation graphs
- i -
id :
vg::Node
id_in_parent :
vg::MinimumDistanceIndex::ChainIndex
,
vg::MinimumDistanceIndex::SnarlIndex
id_interval :
vg::HaplotypeIndexer
ID_OFFSET :
vg::MIPayload
id_rank_map :
vg::Viz
id_to_edge_indices :
vg::IndexedVG::CacheEntry
id_to_name :
vg::Paths
id_to_node_index :
vg::IndexedVG::CacheEntry
id_to_rank :
Vectorizer
ID_WIDTH :
vg::MIPayload
identity :
vg::Alignment
identity_weight :
vg::Mapper
ignore_missing_contigs :
vg::VariantAdder
image_height :
vg::Viz
image_width :
vg::Viz
imperfect_pairs_to_retry :
vg::Mapper
in :
vg::GFFReader
in_chain :
vg::MinimumDistanceIndex::SnarlIndex
in_from :
vg::ExtraNodeGraph
include_component :
vg::MinimumDistanceIndex
include_endpoints :
vg::VCFTraversalFinder
include_full_length_bonuses :
vg::Mapper
include_maximum :
vg::MinimumDistanceIndex
include_reversing_traversals :
vg::ExhaustiveTraversalFinder
indel_error_prop :
vg::NGSSimulator
indel_poly_rate :
vg::NGSSimulator
index :
haplo::GBWTScoreProvider< GBWTType >
,
haplo::linear_haplo_structure
,
haplo::LinearScoreProvider
,
vg::IndexedVG
index_of :
vg::DozeuInterface::OrderedGraph
indexes :
vg::GraphSynchronizer
inner_value :
haplo::haplo_DP_rectangle
input :
vg::io::hFILE_cppstream
input_in_progress :
vg::Funnel
input_vcf :
vg::VCFGenotyper
insert_col :
vg::BandedGlobalAligner< IntType >::BAMatrix
insert_mean :
vg::Filter
insert_row :
vg::BandedGlobalAligner< IntType >::BAMatrix
insert_sd :
vg::Filter
insertions :
vg::InsertHaplotypeCommand
,
vg::ReplaceLocalHaplotypeCommand
int_is_inc :
haplo::haplo_DP_rectangle
interleaved :
vg::ReadFilter
internal_score :
vg::GaplessExtension
intervals :
vg::SRPE
inverse :
vg::Filter
inverse_char_assignment :
bdsg::PackedGraph
is_alt :
vg::Paths
is_checked_in :
vg::Watchdog::thread_state_t
is_circular :
bdsg::HashGraph::path_t
,
bdsg::ODGI::path_metadata_t
,
vg::Path
,
xg::XGPath
is_compacted :
vg::Packer
is_end :
vg::CactusSide
,
vg::NodeSide
is_fixed :
vg::FragmentLengthDistribution
is_interval :
gafkluge::GafStep
is_looping_chain :
vg::MinimumDistanceIndex::ChainIndex
is_phased :
vg::Genotype
is_rend :
vg::ChainIterator
is_reverse :
gafkluge::GafStep
,
vg::Genotyper::Affinity
,
vg::Position
,
vg::Transcript
is_secondary :
vg::Alignment
is_simple_snarl :
vg::MinimumDistanceIndex::SnarlIndex
is_stable :
gafkluge::GafStep
is_top_level_node :
vg::SnarlSeedClusterer::Seed
is_top_level_snarl :
vg::SnarlSeedClusterer::Seed
is_unary_snarl :
vg::MinimumDistanceIndex::SnarlIndex
is_vg :
vg::LegacyCaller
isForward :
vg::BREAKPOINT
item_vo :
vg::io::MessageIterator
items :
vg::Funnel::Stage
iteratee :
vg::ShuffledPairs::iterator
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