vg
tools for working with variation graphs
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  a  
FlowCaller (vg)   
  j  
Packers (vg)    state_hash (vg)   
FlowSort (vg)    pair_hash_map (vg)    step_handle_t (handlegraph)   
Genotyper::Affinity (vg)    FlowTraversalFinder (vg)    j2pb_error    pair_hash_set (vg)    StrandSplitGraph (vg)   
Aligner (vg)    FragmentLengthDistribution (vg)    JoinedSpliceGraph (vg)    PairedEndMapper (vg)    StreamIndex (vg)   
AlignerClient (vg)    FragmentLengthStatistics (vg)    json_autoptr    Path (vg)    StreamIndexBase (vg)   
Alignment (vg)    Funnel (vg)    JSONStreamHelper (vg::io)    path_handle_t (handlegraph)    StreamMultiplexer (vg::io)   
AlignmentChainModel (vg)   
  g  
  k  
path_mapping_t (vg)    StreamSorter (vg)   
AlignmentChainModelVertex (vg)    HashGraph::path_mapping_t (bdsg)    string_hash_map (vg)   
AlignmentEmitter (vg::io)    GafAlignmentEmitter (vg::io)    keyNotFoundException (vg)    ODGI::path_metadata_t (bdsg)    string_hash_set (vg)   
BandedGlobalAligner::AltTracebackStack (vg)    GAFOutputCaller (vg)    kmer_t (vg)    path_t (vg)    Subcommand (vg::subcommand)   
Annotation (vg)    GafRecord (gafkluge)    kmer_t (vg::algorithms)    HashGraph::path_t (bdsg)    SubgraphOverlay (vg)   
AppendHaplotypeCommand (vg)    GafStep (gafkluge)    KmerMatch (vg)    PathBasedTraversalFinder (vg)    SubHandleGraph (vg)   
AugmentedGraph (vg)    GaplessExtender (vg)    KmerPosition (vg)    PathBranch (vg)    Subpath (vg)   
  b  
GaplessExtension (vg)   
  l  
PathChunker (vg)    subpath_t (vg)   
gbwt_thread_t (haplo)    PathComponentIndex (vg)    Support (vg)   
BandedGlobalAligner::BABuilder (vg)    GBWTScoreProvider (haplo)    LegacyCaller (vg)    PathForEachSocket (handlegraph)    SupportAugmentedGraph (vg)   
BandedGlobalAligner::BAMatrix (vg)    GBWTTraversalFinder (vg)    linear_haplo_structure (haplo)    PathHandleGraph (handlegraph)    SupportBasedSnarlCaller (vg)   
BandedGlobalAligner (vg)    GenomeState (vg)    LinearScoreProvider (haplo)    PathIndex (vg)    SupportRestrictedTraversalFinder (vg)   
BaseAligner (vg)    GenomeStateCommand (vg)    linear_haplo_structure::linearUnrepresentable (haplo)    PathNode (vg)    Surjector (vg)   
BaseMapper (vg)    Genotype (vg)    LocationSupport (vg)    PathOrientedDistanceMeasurer (vg)    SwapHaplotypesCommand (vg)   
BaseOption (vg)    GenotypeLikelihoodCalculator (vg)    GraphSynchronizer::Lock (vg)    PathPositionHandleGraph (handlegraph)   
  t  
BasePileup (vg)    GenotypePriorCalculator (vg)    Locus (vg)    PathRestrictedTraversalFinder (vg)   
BenchmarkResult (vg)    Genotyper (vg)   
  m  
Paths (vg)    Registry::Tables (vg::io)   
BitString (vg)    GFAFormatError (vg::algorithms)    PathSubgraph (vg)    TargetValueSearch (vg)   
BitStringTree (vg)    GFFReader (vg)    Mapper (vg)    PathSubgraphOverlay (vg)    Watchdog::thread_state_t (vg)   
BlockedGzipInputStream (vg::io)    GFFRecord (vg)    Mapping (vg)    PathTraversalFinder (vg)    TipAnchoredMaxDistance (vg)   
BlockedGzipOutputStream (vg::io)    Graph (vg)    mapping_t (vg)    PhasedGenome (vg)    Transcript (vg)   
BoolReturningWrapper (handlegraph)    DozeuInterface::graph_pos_s (vg)    NGSSimulator::MarkovDistribution (vg)    PhaseUnfolder (vg)    Transcriptome (vg)   
BoolReturningWrapper< Iteratee, Iterated, bool > (handlegraph)    GraphCaller (vg)    MaximalExactMatch (vg)    Pictographs (vg)    TranscriptPath (vg)   
BoolReturningWrapper< Iteratee, Iterated, void > (handlegraph)    GraphSynchronizer (vg)    MCMCCaller (vg)    Pileup (vg)    Translation (vg)   
BREAKPOINT (vg)    GreedyMinDistanceClusterer (vg)    MCMCGenotyper (vg)    VG::Plan (vg)    Translator (vg)   
  c  
FlowSort::Growth (vg)    MEMChainModel (vg)    PoissonSupportSnarlCaller::PoissonCallInfo (vg)    TraversalFinder (vg)   
GSSWAligner (vg)    MEMChainModelVertex (vg)    PoissonSupportSnarlCaller (vg)    TraversalSupportCalculator (vg)   
CachedPackedTraversalSupportFinder (vg)   
  h  
MEMClusterer (vg)    Position (vg)    TraversalSupportFinder (vg)   
IndexedVG::CacheEntry (vg)    MemoizingGraph (vg)    position_t (vg)    Tree (vg)   
CactusSide (vg)    handle_t (handlegraph)    IntegratedSnarlFinder::MergedAdjacencyGraph (vg)    PositionIDScanner (vg)    BitStringTree::TreeNode (vg)   
CactusSnarlFinder (vg)    HandleGraph (handlegraph)    MessageEmitter (vg::io)    Progressive (vg)    TreeNode (vg)   
SnarlCaller::CallInfo (vg)    HandleGraphSnarlFinder (vg)    MessageIterator (vg::io)    ProtobufEmitter (vg::io)    SnarlSeedClusterer::TreeState (vg)   
MinimumDistanceIndex::ChainIndex (vg)    Handler (vg::temp_file)    MinDistanceClusterer (vg)    ProtobufIterator (vg::io)    TreeSubgraph (vg)   
ChainIterator (vg)    Handler (xg::temp_file)    MinimizerMapper::Minimizer (vg)    PruningParameters    TrivialTraversalFinder (vg)   
SnarlSeedClusterer::Cluster (vg)    haplo_DP (haplo)    MinimizerMapper (vg)   
  q  
TSVAlignmentEmitter (vg::io)   
Colors (vg)    haplo_DP_column (haplo)    MinimumDistanceIndex (vg)    TVSClusterer (vg)   
CompletedTranscriptPath (vg)    haplo_DP_rectangle (haplo)    MIPayload (vg)    QualAdjAligner (vg)   
  u  
ComponentMinDistanceClusterer (vg)    PhasedGenome::Haplotype (vg)    MSAConverter (vg)    QualAdjXdropAligner (vg)   
Configurable (vg)    HaplotypeIndexer (vg)    multipath_alignment_t (vg)   
  r  
uniform_int_distribution (vg)   
ConfigurableParser (vg)    PhasedGenome::HaplotypeNode (vg)    MultipathAlignment (vg)    uniform_real_distribution (vg)   
Connection (vg)    hash< const vg::Snarl > (std)    MultipathAlignmentEmitter (vg)    Range (vg)   
  v  
connection_t (vg)    hash< handlegraph::handle_t > (std)    MultipathAlignmentGraph (vg)    RankedHandleGraph (handlegraph)   
ConsistencyCalculator (vg)    hash< handlegraph::path_handle_t > (std)    MultipathMapper (vg)    RareVariantSimplifier (vg)    VariantAdder (vg)   
ConstructedChunk (vg)    hash< handlegraph::step_handle_t > (std)    MultipathProblem (vg)    RatioSupportSnarlCaller (vg)    VcfBuffer (vg)   
Constructor (vg)    hash< pair< A, B > > (std)    MutableHandleGraph (handlegraph)    ReadFilter (vg)    VCFGenotyper (vg)   
ReadFilter::Counts (vg)    hash< std::tuple< TT... > > (std)    MutablePathDeletableHandleGraph (handlegraph)    ReadRestrictedTraversalFinder (vg)    VCFOutputCaller (vg)   
  d  
hash< vg::NodeSide > (std)    MutablePathHandleGraph (handlegraph)    Region (vg)    VcfRecordConverter (vg)   
hash< vg::NodeTraversal > (std)    MutablePathMutableHandleGraph (handlegraph)    RegionExpander (vg)    VcfRecordFilter (vg)   
DagifiedGraph (vg)    Genotyper::hash_ambiguous_allele_set (vg)   
  n  
Registry (vg::io)    VCFTraversalFinder (vg)   
Deconstructor (vg)    hash_map (vg)    ReplaceLocalHaplotypeCommand (vg)    VectorizableHandleGraph (handlegraph)   
BandedGlobalAligner::AltTracebackStack::Deflection (vg)    hash_map< K *, V > (vg)    NameMapper (vg)    ReplaceSnarlHaplotypeCommand (vg)    Vectorizer   
DeletableHandleGraph (handlegraph)    Genotyper::hash_node_traversal (vg)    NestedTraversalFinder (vg)    RepresentativeTraversalFinder (vg)    Version (vg)   
DeleteHaplotypeCommand (vg)    Genotyper::hash_oriented_edge (vg)    NetGraph (vg)    ReverseGraph (vg)    VG (vg)   
DepthMap (vg)    hash_set (vg)    SnarlSeedClusterer::NetgraphNode (vg)    RRMemo (haplo::haploMath)    VGAlignmentEmitter (vg::io)   
DinucleotideMachine (vg)    hash_set< K * > (vg)    NGSSimulator (vg)   
  s  
VGset (vg)   
discrete_distribution (vg)    HashGraph (bdsg)    NoAlignmentInBandException (vg)    Visit (vg)   
DistanceHeuristic (vg)    hDP_gbwt_graph_accessor (haplo)    Node (vg)    Sampler (vg)    Viz (vg)   
DozeuInterface (vg)    hFILE_backend    HashGraph::node_t (bdsg)    ScoreProvider (haplo)    VPKG (vg::io)   
DozeuPinningOverlay (vg)    hFILE_cppstream (vg::io)    SnarlSeedClusterer::NodeClusters (vg)    SnarlSeedClusterer::Seed (vg)   
  w  
MEMClusterer::DPScoreComparator (vg)    MEMClusterer::HitEdge (vg)    NodePileup (vg)    SerializableHandleGraph (handlegraph)   
  e  
MEMClusterer::HitGraph (vg)    NodeSide (vg)    ShuffledPairs (vg)    walk_t (vg::algorithms)   
MEMClusterer::HitNode (vg)    NodeTraversal (vg)    SimpleConsistencyCalculator (vg)    walk_t (vg)   
Edge (vg)    Homogenizer (vg)    normal_distribution (vg)    SimpleTraversalSupportCalculator (vg)    wang_hash (vg)   
ODGI::edge_helper (bdsg)    HTSAlignmentEmitter (vg)    NullAlignmentEmitter (vg::io)    SmallBitset (vg)    wang_hash< handle_t > (vg)   
EdgePileup (vg)   
  i  
NullClusterer (vg)    SmallSnarlSimplifier (vg)    wang_hash< NodeSide > (vg)   
Edit (vg)    NullMaskingGraph (vg)    Snarl (vg)    wang_hash< NodeTraversal > (vg)   
edit_t (vg)    IdentityOverlay (vg)    number_bool_packing (handlegraph)    SnarlCaller (vg)    wang_hash< path_handle_t > (vg)   
EditedTranscriptPath (vg)    IDScanner (vg)   
  o  
SnarlFinder (vg)    wang_hash< std::pair< A, B > > (vg)   
endianness (vg)    IncrementalSubgraph (vg)    MinimumDistanceIndex::SnarlIndex (vg)    wang_hash< T * > (vg)   
ExhaustiveTraversalFinder (vg)    IncrementIter (vg)    ODGI (bdsg)    SnarlManager (vg)    wang_hash< T, typename std::enable_if< std::is_integral< T >::value >::type > (vg)   
Exon (vg)    Index (vg)    Option (vg)    SnarlMinDistance (vg)    Watchdog (vg)   
ExpandingOverlayGraph (handlegraph)    IndexedVG (vg)    Option< vector< Item >, Parser > (vg)    SnarlOrientedDistanceMeasurer (vg)    FlowSort::WeightedGraph (vg)   
ExtraNodeGraph (vg)    IndexManager (vg)    OptionInterface (vg)    SnarlManager::SnarlRecord (vg)    WideningPRNG (vg)   
  f  
indexOpenException (vg)    OptionValueParser (vg)    SnarlSeedClusterer (vg)    WindowedVcfBuffer (vg)   
InsertHaplotypeCommand (vg)    OptionValueParser< vector< Item > > (vg)    SnarlState (vg)    WrappingPositionScanner (vg)   
fdinbuf (vg::io)    int_itvl_t (haplo)    DozeuInterface::OrderedGraph (vg)    SnarlTraversal (vg)   
  x  
fdistream (vg::io)    IntegratedSnarlFinder (vg)    OrientedDistanceClusterer (vg)    linear_haplo_structure::SNVvector (haplo)   
fdostream (vg::io)    is_instantiation_of (vg)    OrientedDistanceMeasurer (vg)    SourceSinkOverlay (vg)    XdropAligner (vg)   
fdoutbuf (vg::io)    is_instantiation_of< Predicate< PredicateArgs... >, Predicate > (vg)   
  p  
SplicedHTSAlignmentEmitter (vg)    XG (xg)   
FeatureSet::Feature (vg)    Funnel::Item (vg)    SpliceMotifs (vg)    XGFormatError (xg)   
FeatureSet (vg)    PhasedGenome::iterator (vg)    PackedGraph (bdsg)    SpliceRegion (vg)    XGPath (xg)   
Filter (vg)    ShuffledPairs::iterator (vg)    PackedGraph::PackedPath (bdsg)    SRPE (vg)   
Funnel::FilterPerformance (vg)    PathForEachSocket::iterator (handlegraph)    PackedTraversalSupportFinder (vg)    SSWAligner (vg)   
FixedGenotypePriorCalculator (vg)    iterator_traits< vg::PhasedGenome::iterator > (std)    Packer (vg)    Funnel::Stage (vg)   
a | b | c | d | e | f | g | h | i | j | k | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | w | x