vg
tools for working with variation graphs
- a -
alignment_to_example_string() :
recalibrate_main.cpp
- b -
b64_decode() :
bin2ascii.h
b64_encode() :
bin2ascii.h
bin2hex() :
bin2ascii.h
- c -
chunk_to_emitter() :
paths_main.cpp
clear_graph() :
gbwt_main.cpp
- g -
get_compressed() :
gbwt_main.cpp
get_default_k() :
minimizer_main.cpp
get_default_threads() :
minimizer_main.cpp
get_default_w() :
minimizer_main.cpp
get_dynamic() :
gbwt_main.cpp
get_graph() :
gbwt_main.cpp
- h -
help_add() :
add_main.cpp
help_align() :
align_main.cpp
help_annotate() :
annotate_main.cpp
help_augment() :
augment_main.cpp
help_benchmark() :
benchmark_main.cpp
help_bugs() :
bugs_main.cpp
help_call() :
call_main.cpp
help_chunk() :
chunk_main.cpp
help_circularize() :
circularize_main.cpp
help_cluster() :
cluster_main.cpp
help_combine() :
combine_main.cpp
help_compare() :
compare_main.cpp
help_concat() :
concat_main.cpp
help_construct() :
construct_main.cpp
help_convert() :
convert_main.cpp
help_crash() :
crash_main.cpp
help_deconstruct() :
deconstruct_main.cpp
help_depth() :
depth_main.cpp
help_dotplot() :
dotplot_main.cpp
help_explode() :
explode_main.cpp
help_filter() :
filter_main.cpp
help_find() :
find_main.cpp
help_gamcompare() :
gamcompare_main.cpp
help_gampcompare() :
gampcompare_main.cpp
help_gamsort() :
gamsort_main.cpp
help_gbwt() :
gbwt_main.cpp
help_genotype() :
genotype_main.cpp
help_giraffe() :
giraffe_main.cpp
help_help() :
help_main.cpp
help_ids() :
ids_main.cpp
help_index() :
index_main.cpp
help_inject() :
inject_main.cpp
help_join() :
join_main.cpp
help_kmers() :
kmers_main.cpp
help_locify() :
locify_main.cpp
help_map() :
map_main.cpp
help_mcmc() :
mcmc_main.cpp
help_minimizer() :
minimizer_main.cpp
help_mod() :
mod_main.cpp
help_mpmap() :
mpmap_main.cpp
help_msga() :
msga_main.cpp
help_pack() :
pack_main.cpp
help_paths() :
paths_main.cpp
help_prune() :
prune_main.cpp
help_recalibrate() :
recalibrate_main.cpp
help_rna() :
rna_main.cpp
help_sift() :
sift_main.cpp
help_sim() :
sim_main.cpp
help_simplify() :
simplify_main.cpp
help_snarl() :
snarls_main.cpp
help_sort() :
sort_main.cpp
help_srpe() :
srpe_main.cpp
help_stats() :
stats_main.cpp
help_surject() :
surject_main.cpp
help_trace() :
trace_main.cpp
help_translate() :
translate_main.cpp
help_validate() :
validate_main.cpp
help_vectorize() :
vectorize_main.cpp
help_version() :
version_main.cpp
help_view() :
view_main.cpp
help_viz() :
viz_main.cpp
hex2bin() :
bin2ascii.h
hfile_init() :
hfile_internal.hpp
- j -
json2pb() :
json2pb.cpp
,
json2pb.h
- l -
load_gbwt() :
gbwt_main.cpp
- m -
main() :
main.cpp
,
test_libbdsg.cpp
main_add() :
add_main.cpp
main_align() :
align_main.cpp
main_annotate() :
annotate_main.cpp
main_augment() :
augment_main.cpp
main_benchmark() :
benchmark_main.cpp
main_bugs() :
bugs_main.cpp
main_call() :
call_main.cpp
main_chunk() :
chunk_main.cpp
main_circularize() :
circularize_main.cpp
main_cluster() :
cluster_main.cpp
main_combine() :
combine_main.cpp
main_compare() :
compare_main.cpp
main_concat() :
concat_main.cpp
main_construct() :
construct_main.cpp
main_convert() :
convert_main.cpp
main_crash() :
crash_main.cpp
main_deconstruct() :
deconstruct_main.cpp
main_depth() :
depth_main.cpp
main_dotplot() :
dotplot_main.cpp
main_explode() :
explode_main.cpp
main_filter() :
filter_main.cpp
main_find() :
find_main.cpp
main_gamcompare() :
gamcompare_main.cpp
main_gampcompare() :
gampcompare_main.cpp
main_gamsort() :
gamsort_main.cpp
main_gbwt() :
gbwt_main.cpp
main_genotype() :
genotype_main.cpp
main_giraffe() :
giraffe_main.cpp
main_help() :
help_main.cpp
main_ids() :
ids_main.cpp
main_index() :
index_main.cpp
main_inject() :
inject_main.cpp
main_join() :
join_main.cpp
main_kmers() :
kmers_main.cpp
main_locify() :
locify_main.cpp
main_map() :
map_main.cpp
main_mcmc() :
mcmc_main.cpp
main_minimizer() :
minimizer_main.cpp
main_mod() :
mod_main.cpp
main_mpmap() :
mpmap_main.cpp
main_msga() :
msga_main.cpp
main_pack() :
pack_main.cpp
main_paths() :
paths_main.cpp
main_prune() :
prune_main.cpp
main_recalibrate() :
recalibrate_main.cpp
main_rna() :
rna_main.cpp
main_sift() :
sift_main.cpp
main_sim() :
sim_main.cpp
main_simplify() :
simplify_main.cpp
main_snarl() :
snarls_main.cpp
main_sort() :
sort_main.cpp
main_srpe() :
srpe_main.cpp
main_stats() :
stats_main.cpp
main_surject() :
surject_main.cpp
main_test() :
test_main.cpp
main_trace() :
trace_main.cpp
main_translate() :
translate_main.cpp
main_validate() :
validate_main.cpp
main_vectorize() :
vectorize_main.cpp
main_version() :
version_main.cpp
main_view() :
view_main.cpp
main_viz() :
viz_main.cpp
mode_name() :
prune_main.cpp
multiple_thread_sources() :
index_main.cpp
- o -
omp_get_num_threads() :
utility.cpp
- p -
parse_haplotype_transcript_file() :
sim_main.cpp
parse_rsem_expression_file() :
sim_main.cpp
pb2json() :
json2pb.cpp
,
json2pb.h
print_defaults() :
prune_main.cpp
- r -
recurse_and_error() :
crash_main.cpp
- s -
short_mode_name() :
prune_main.cpp
swap_remove() :
swap_remove.hpp
- t -
test_deletable_handle_graphs() :
test_libbdsg.cpp
test_mutable_path_handle_graphs() :
test_libbdsg.cpp
test_packed_deque() :
test_libbdsg.cpp
test_packed_graph() :
test_libbdsg.cpp
test_packed_set() :
test_libbdsg.cpp
test_packed_subgraph_overlay() :
test_libbdsg.cpp
test_packed_vector() :
test_libbdsg.cpp
test_paged_vector() :
test_libbdsg.cpp
test_path_position_overlays() :
test_libbdsg.cpp
test_serializable_handle_graphs() :
test_libbdsg.cpp
test_vectorizable_overlays() :
test_libbdsg.cpp
- v -
vg_help() :
main.cpp
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